background top icon
background center wave icon
background filled rhombus icon
background two lines icon
background stroke rhombus icon

Скачать "(4) Flow Cytometry Data Analysis in R: Visualisation"

input logo icon
Обложка аудиозаписи
Подождите немного, мы готовим ссылки для удобного просмотра видео без рекламы и его скачивания.
console placeholder icon
Теги видео
|

Теги видео

Flow cytometry
Rstats
flowCore
ggcyto
Субтитры
|

Субтитры

subtitles menu arrow
  • enАнглийский
Скачать
00:00:01
здравствуйте и добро пожаловать на краткое
00:00:03
введение в то, как анализировать
00:00:05
данные проточной цитометрии. В
00:00:07
этом эпизоде ​​речь идет о gg-cyto. gt-cyto
00:00:10
используется для визуализации данных проточной цитометрии,
00:00:13
поэтому ранее мы рассматривали использование автографика
00:00:17
и некоторых инструментов быстрого построения графиков, но теперь
00:00:19
мы посмотрю, как мы можем
00:00:21
лучше контролировать визуальную
00:00:22
визуализацию, поэтому я загрузил те же
00:00:25
данные, что и раньше,
00:00:27
и сейчас мы быстро их рассмотрим,
00:00:29
поэтому я
00:00:30
использовал код из другого видео,
00:00:35
и теперь мы просто бегло просматриваем его,
00:00:37
чтобы подтвердить, что это такое,
00:00:40
чтобы мы могли видеть, что это набор из девяти
00:00:42
экспериментов. Я взял первые девять
00:00:43
файлов
00:00:46
из полного набора репозитория f4 fcmzv, то есть,
00:00:52
я думаю, это flowcap3 я могу использовать
00:00:56
fs apply и посмотреть имена файлов,
00:01:01
я могу посмотреть имена столбцов, то есть
00:01:03
правила этажа,
00:01:04
я вижу, что их 12,
00:01:07
и я могу посмотреть иерархию шлюзов, которую
00:01:09
я создал
00:01:11
только здесь, так что это то же самое, что и мы сделал
00:01:14
на днях,
00:01:15
и мы можем посмотреть выходные данные автографика,
00:01:18
так что это просто использование настроек по умолчанию,
00:01:21
и мы покажем, что внешняя сторона рассеивает
00:01:24
одинарный строб, и
00:01:26
гм было 50 против p Техасский красный,
00:01:32
так что одна из проблем с Автоматический график
00:01:34
заключается в том, что у вас нет никакого контроля над тем,
00:01:35
где находятся метки
00:01:36
при масштабировании, или
00:01:40
над макетом в целом, он просто создает
00:01:42
быстрый график, который вы можете видеть над моей
00:01:44
головой,
00:01:45
поэтому давайте сначала исправим этот график, чтобы
00:01:47
мы хотим исправить масштабирование,
00:01:49
и мы хотим добавить имена вентилей, и мы,
00:01:52
вероятно, захотим настроить позиции
00:01:53
вентилей,
00:01:55
поэтому для этого мы будем использовать ggcyto,
00:01:58
прежде чем мы начнем с ggcyto,
00:02:00
я должен отметить, что вам нужно
00:02:02
найти ggplot Итак, ggcyto
00:02:04
- это программа визуализации, основанная
00:02:07
на другой программе визуализации,
00:02:08
называемой ggplot2, теперь
00:02:12
график gg 2 очень полезен, очень мощный,
00:02:15
и вы не получите многого от gg цито
00:02:17
с программой для плюсовой температуры,
00:02:18
не понимая, как
00:02:20
проще всего работает график 2 gd способ сделать это -
00:02:25
просто использовать учебники по ggplot2 в Google,
00:02:30
и вы, к сожалению, увидите
00:02:33
множество этих руководств,
00:02:39
я думаю, что моя работа на этом и закончится,
00:02:42
поэтому, если мы перейдем на tidyburst, который является
00:02:44
его официальной веб-страницей, я предполагаю, что
00:02:48
это дает вам некоторые базовые возможности использования и
00:02:51
некоторые моменты обучения, гм, первый из них
00:02:54
очень хорош,
00:02:56
он проходит через Интернет или
00:02:58
книгу,
00:03:00
и вы можете использовать некоторые данные по умолчанию, загруженные
00:03:02
в r, и научить вас, как строить
00:03:05
точечные графики, как менять точки, как
00:03:10
снова менять цвета если вы вернетесь в Google, там есть
00:03:12
много других, включая
00:03:14
полный курс, и я бы посоветовал
00:03:17
просмотреть это, если вы хотите выполнить какую-либо
00:03:18
визуализацию данных, и все, что
00:03:20
вам нужно знать, как использовать
00:03:22
ggplot2,
00:03:25
хорошо, давайте представим, что вы посмотрели
00:03:27
ggplot2,
00:03:30
и теперь мы собираемся взглянуть на gigicyto,
00:03:32
поэтому мы хотим исправить этот график, который у меня над
00:03:35
головой,
00:03:37
чтобы номенклатура способа использования
00:03:40
gigicyto была такой же, как и у 3D-графика,
00:03:43
и поэтому мы будем называть наши графики p
00:03:46
we собираемся загрузить
00:03:47
gg цито, вместо этого мы собираемся загрузить наш гейт,
00:03:50
который называется auto gs, поэтому я
00:03:52
смотрю на строку 16, здесь
00:03:54
aes означает эстетику, и это
00:03:57
то, что нам нужно, графики, которые мы хотим построить по
00:03:58
оси x, как
00:04:00
x соответствует области c, ось y — это красная область XP, Техас
00:04:04
, а подмножество — синглеты,
00:04:08
поэтому нажмите Ctrl, введите, он загружается, вы
00:04:11
ничего не видите,
00:04:12
если я наберу p, вы сможете
00:04:15
увидеть, что будет произведено, а это просто
00:04:17
пустое место. график,
00:04:18
потому что я только что создал пустой горшок,
00:04:19
я не просил его помещать в него какие-либо данные,
00:04:21
поэтому я буду добавлять геометрические
00:04:26
шестнадцатеричные точки, а биннинг равен 256, что очень
00:04:29
похоже на то, что мы делаем с графиком порядка,
00:04:33
и снова, если я перейди к p сейчас я посмотрю, что
00:04:35
теперь у меня есть
00:04:38
очень хорошие данные,
00:04:42
я могу добавить некоторые данные, поэтому я использую
00:04:46
набор геометрических ворот, чтобы получить пути населения с четырех
00:04:49
по семь,
00:04:50
поэтому я знаю, что это четыре-семь из-за того,
00:04:52
что мы сделали ранее
00:04:53
последнее последнее видео и
00:04:56
геометрические ворота - это способ
00:04:59
поиска ворот по высоте gg,
00:05:01
поэтому я это сделал, и теперь, если я нажму p, я
00:05:03
надеюсь, что ворота будут выглядеть
00:05:07
фантастически, и я хочу добавить некоторую
00:05:10
статистику, поэтому я получил геометрическую
00:05:12
статистику,
00:05:13
снова получаю пути, выбираю
00:05:16
процент
00:05:17
и имя вентиля и делаю эту
00:05:20
корректировку, поэтому давайте на
00:05:21
данный момент удалим эту корректировку
00:05:26
и снова посмотрим на p,
00:05:32
и теперь у нас есть процентные ворота
00:05:35
с этими процентами на воротах
00:05:36
это фантастика,
00:05:38
было бы неплохо немного переместить их,
00:05:40
чтобы я мог прочитать эту настройку,
00:05:43
чтобы у нас были координаты xy, и мы
00:05:45
могли бы подталкивать их влево и вправо
00:05:47
так, как нам нужно, так что давайте посмотрим, что это
00:05:50
делает, теперь это на самом деле собираюсь сделать
00:05:51
наложение наложения,
00:05:53
потому что я повторно применил его к тому же
00:05:55
сюжету, поэтому я собираюсь получить
00:05:57
несколько попаданий, что не идеально, поэтому я
00:05:59
могу начать снова, просто поднявшись к
00:06:00
верхнему элементу
00:06:04
ctrl, введите ctrl, введите элемент управления введите
00:06:06
управление, введите,
00:06:08
и мы сможем посмотреть на p, и ворота - это,
00:06:11
э-э, метки ворот в немного более
00:06:13
разумном месте,
00:06:15
я вполне доволен тем, что вы можете
00:06:16
тратить вечность на их настройку, и вы
00:06:18
более чем можете это сделать,
00:06:21
поэтому этот график не Выглядит не так уж плохо,
00:06:24
но масштабирование могло бы быть
00:06:28
хуже,
00:06:29
поэтому для настройки масштабирования используйте что-то,
00:06:31
называемое моими полномочиями, это мои параметры,
00:06:33
поэтому вы можете использовать набор цитопараметров gt и
00:06:36
выбирать пределы x и y,
00:06:38
чтобы ограничения были в настоящее время три и
00:06:40
пять для y и три и пять
00:06:42
для x,
00:06:46
что, честно говоря, мне кажется довольно
00:06:48
хорошим,
00:06:49
поэтому, если я попробую это, я создаю
00:06:51
переменную, называемую моими полномочиями,
00:06:52
а затем применю свои полномочия к p,
00:06:57
они смогут снова загрузить p и, надеюсь,
00:06:59
мы увидим там немного другую форму,
00:07:01
может быть, сейчас это слишком много,
00:07:04
но, как вы видели на примере автоматического построения графиков, это
00:07:07
может быть очень неправильно,
00:07:08
поэтому на это следует обратить внимание,
00:07:11
а метки ужасны,
00:07:12
потому что они наши безопасные
00:07:16
типы имен, в которых есть точки, пробелы и косые
00:07:18
черты,
00:07:19
поэтому я просто переименую их, поэтому я
00:07:20
буду использовать p plus labs
00:07:23
x = 84 y cd3,
00:07:27
я загружу его снова, а затем мы получил
00:07:30
хороший хороший сюжет, если вам нужна
00:07:33
помощь
00:07:34
или помощь, то же самое верно для
00:07:37
всего, что вам
00:07:38
нужно, введите вопросительный знак
00:07:41
и введите тип gdplot или извините
00:07:44
gdcito,
00:07:46
я слишком много говорил о gdpr,
00:07:50
и вы Справа я получу файл справки.
00:07:52
Я говорю о том, как
00:07:54
работает GT Cyto, пример
00:07:58
кода mr, и, конечно же, вы можете пойти
00:08:01
в Интернет
00:08:03
и ввести заголовок gg,
00:08:06
и вы будете перенаправлены на
00:08:08
страницу биокондуктора,
00:08:10
поэтому github и вы найдете
00:08:13
много полезного, на
00:08:14
самом деле это было перенесено в нечто,
00:08:16
называемое цитоверсом,
00:08:19
которое было настроено, чтобы поддерживать
00:08:22
согласованность между многими, хотя и
00:08:24
более популярными пакетами цитирования цветов,
00:08:27
и поэтому, если вы придете сюда, вы можете перейти к
00:08:28
примеры
00:08:31
ggcyto, и у вас есть много файлов справки,
00:08:40
и вы можете прокрутить вниз и посмотреть
00:08:42
различные способы взаимодействия с ggcyto,
00:08:45
но мы продолжим сами,
00:08:48
поэтому у нас здесь был один график,
00:08:52
если мы хотим сделать что-то похожее на auto
00:08:54
и имеем все графики,
00:08:55
мы можем просто удалить подмножество, поэтому мы
00:08:58
просматривали только один файл,
00:09:00
мы можем сделать то же самое, но в этом случае со всем
00:09:03
набором потоков или набором стробирования,
00:09:09
и мы должны получить хорошее многографическое
00:09:14
изображение со всеми типы, так что, как вы видите,
00:09:17
сейчас некоторый беспорядок, поэтому нам нужно
00:09:20
что-то изменить, чтобы мы могли изменить
00:09:21
размер шрифта и расположение,
00:09:23
или мы всегда могли бы просто
00:09:26
увеличить график в целом и выглядеть немного
00:09:27
лучше,
00:09:32
но есть много мощности и много
00:09:33
гибкости, и
00:09:35
что вам нужно сделать, это просмотреть
00:09:36
файлы справки и узнать
00:09:38
все, что вы можете сделать,
00:09:40
например, изменить цвета, изменить
00:09:41
плотность,
00:09:42
изменить ось, изменить заголовки
00:09:47
и один из то, что вы можете сделать, - это
00:09:49
то, что называется FaceTime, поэтому
00:09:50
фасетирование - это способ разделения
00:09:54
ваших графиков
00:09:55
или ваших данных на подкатегории в целом, и это
00:09:58
касается того, что называется фенольными
00:09:59
данными, поэтому фенотип - это
00:10:01
какой-то дополнительный бит данных в
00:10:04
ядре потока на набор полов, поэтому, если я введу
00:10:07
данные p и auto gs auto gsb в свой
00:10:10
набор шлюзов, я увижу, что мои фено-данные
00:10:13
на самом деле пусты, все, что у них есть, внизу
00:10:14
слева, вот имена файлов,
00:10:18
однако при загрузке из
00:10:21
репозитория потока также есть csv,
00:10:23
этот файл csv содержит много
00:10:25
полезной информации, такой как
00:10:27
пациент и лечение, поэтому я
00:10:29
собираюсь загрузить этот файл csv, чтобы у меня был файл
00:10:32
csv, прочитайте csv, и это файл csv
00:10:36
из репозитория потока,
00:10:40
и если мы можем посмотреть файл csv,
00:10:45
и мы видим, что у нас есть имя файла,
00:10:48
группа лечения и то, что они
00:10:50
ищут, и они сказали, что это из
00:10:51
floccaps3, как я уже сказал,
00:10:53
и что нам нужно сделать, это
00:10:54
объединить наш фенотип
00:10:56
данные в потоке, установленном в файле csv,
00:11:01
поэтому для этого мы используем команду слияния.
00:11:03
Команда слияния — это просто
00:11:05
команда r по умолчанию, и вы можете найти
00:11:08
инструкции в файле справки по
00:11:14
слиянию двух кадров данных, поэтому мы
00:11:17
делаем следующее: мы собираемся объединить
00:11:18
наши окончательные данные из нашего набора шлюзов с
00:11:22
файлом csv,
00:11:23
мы собираемся объединить их, используя имя
00:11:25
и имя файла fcs,
00:11:27
чтобы имя файла fss было из
00:11:31
набора потоков, а имя - из
00:11:35
панели cs3, ох на самом деле все наоборот,
00:11:39
поэтому теперь я создам что-то, называемое новыми
00:11:40
данными, и если я открою, то
00:11:44
это будут только мои девять файлов, теперь у нас есть
00:11:47
связанные с ними методы лечения,
00:11:48
примерное описание имени пациента, которое я
00:11:50
предполагаю,
00:11:51
и характеристика, которая является всем часть
00:11:52
обучающего набора,
00:11:55
есть одно предостережение: для
00:11:58
женских данных
00:11:59
имена ролей должны совпадать с именем
00:12:01
файла fcs,
00:12:03
поэтому, когда вы выполняете слияние, оно на самом деле
00:12:05
еще не удаляет эти необработанные данные
00:12:07
без данных имени, поэтому нам придется применить его
00:12:09
снова, используя эту команду имен строк,
00:12:11
а затем мы сообщим,
00:12:15
что наши ворота, за исключением данных фенотипа,
00:12:17
должны быть этим новым
00:12:19
набором данных, который мы создали, или
00:12:22
фреймом данных, извините,
00:12:25
и вот мы идем, и теперь у нас есть получили
00:12:27
данные фенотипирования с
00:12:29
именем файла, лечением и описанием образца,
00:12:32
и это действительно полезно, потому что это
00:12:34
означает, что мы можем начать классифицировать наши
00:12:35
графики по категориям,
00:12:36
поэтому здесь я создаю графики под названием pt, используя
00:12:39
gdcyto,
00:12:40
поэтому я просто собираюсь сделать cd4 и cd8 и
00:12:42
синглеты
00:12:46
я создам геометрический шестиугольник точно так
00:12:48
же, как и раньше,
00:12:50
и я собираюсь выбрать свои
00:12:51
параметры, которые, как я знаю, подойдут для этого,
00:12:54
но то, что я собираюсь сделать сейчас, это
00:12:56
то, что называется фасетной сеткой,
00:12:57
поэтому я собираюсь построить график мои графики
00:13:00
лечения образца по сравнению с описанием образца,
00:13:05
и вы увидите, насколько это полезно через
00:13:06
секунду,
00:13:12
и вот у нас есть мои девять графиков, мой
00:13:15
CD4 против CD3,
00:13:17
но здесь у меня есть
00:13:20
описание образца, которое, вероятно, представляет собой
00:13:21
пациента и лечение или
00:13:25
какой ген они ищут, я
00:13:27
не знаю многого об этих данных,
00:13:28
как вы, вероятно, можете сказать,
00:13:30
но это может быть очень полезно, потому что вы
00:13:32
можете представить, что у вас есть лечение против
00:13:34
пациента или респондента против
00:13:36
не ответившего
00:13:37
или клетки тип против гена,
00:13:40
и таким образом вы можете очень хорошо
00:13:43
визуализировать свои данные,
00:13:44
и, конечно, вы можете затем добавить к
00:13:45
ним элементы и статистику, и вы найдете
00:13:48
это очень полезным, но вам просто нужно поработать, чтобы
00:13:50
убедиться, что у вас есть что-то хорошее
00:13:52
гм, аннотированные данные, чтобы начать с
00:13:56
очень быстрого взгляда на обратное ворота, так вот
00:13:59
как вы наносите красивый цвет
00:14:01
поверх другого графика, чтобы показать
00:14:03
ворота, поэтому мы снова назовем этот сидр p3 gg
00:14:06
cd3 вместо cd4,
00:14:08
и подмножество является корневым Итак, с gigi Cyto
00:14:10
с набором гатлинга у вас всегда должны
00:14:12
быть
00:14:13
ворота, и это корень, это
00:14:15
верхние ворота, это снова без ворот
00:14:19
и геометрический шестигранник, потому что это выглядит
00:14:21
хорошо, но я собираюсь сделать 128
00:14:23
контактов для никаких особых ограничений
00:14:26
снова нет, я знаю, что это работает,
00:14:29
и я собираюсь сделать что-то под названием
00:14:31
949 геометрическое наложение,
00:14:34
поэтому я собираюсь наложить свои cd3 и cd4
00:14:36
плюс
00:14:37
плюс гейт, и это мои ворота из моего
00:14:39
набора гейтов,
00:14:41
и я хочу наложение с точками размером
00:14:43
0,01
00:14:45
и альфа, которая представляет собой непрозрачность или
00:14:46
прозрачность при значении 0,05,
00:14:49
и оранжевым цветом, если вы американец,
00:14:52
вы более чем можете избавиться от буквы «
00:14:53
u»,
00:14:54
и вы, вероятно, захотите
00:14:56
альфа, эта непрозрачность должна быть довольно
00:14:58
низкой, и чтобы вы могли видеть плотность
00:15:00
под ней,
00:15:02
на моем компьютере это займет некоторое время,
00:15:06
я не уверен, почему, так что давайте просто перемотаем
00:15:08
видео вперед,
00:15:11
хорошо, вы можете увидеть то, что
00:15:12
появилось выше моя голова сейчас - это
00:15:14
милые маленькие оранжевые задние ворота на
00:15:17
CD4 и, э-э, CD
00:15:19
три положительных населения на моей
00:15:21
платформе ранее,
00:15:23
хм, и очевидно, что
00:15:24
в названии gtg гораздо больше сложности, чем просто
00:15:26
выполнение этих
00:15:27
простых сюжетов, хм, и сила в том, что вы можете
00:15:30
сделайте это за тысячи итераций
00:15:32
и создайте очень согласованные типы графиков,
00:15:36
если вы хотите их экспортировать,
00:15:38
вы можете просто использовать эту команду под названием
00:15:39
ggsave,
00:15:41
поэтому я собираюсь сохранить gg save один график,
00:15:44
и мы используем p2, который мы сделал
00:15:46
ранее, это изображение девятигранного сюжета,
00:15:51
и если я перейду к своим файлам,
00:15:55
я смогу загрузить верхний,
00:15:58
а затем увидеть тот, который я сохранил
00:16:02
для помощи, как всегда, вы можете использовать
00:16:05
вопросительный знак gtc,
00:16:06
и вы поймете, что можете измените
00:16:07
dpi, размер, типы файлов,
00:16:10
гм, и, конечно, вы всегда можете запустить это
00:16:12
в циклах
00:16:14
и циклах по умолчанию для функций, и чтобы
00:16:16
вы могли
00:16:17
делать это снова и снова, я настоятельно
00:16:20
рекомендую выполнить учебник по графику gg, а затем
00:16:24
просмотреть файлы справки для Джиджи
00:16:25
Сатурн,
00:16:27
хорошо, спасибо, я надеюсь, что это
00:16:29
помогло, и
00:16:30
я с нетерпением жду встречи с тобой снова в ближайшее время, до
00:16:33
свидания

Описание:

This video will cover creating plots using ggcyto and will briefly discuss metadata and pData. R Script: https://github.com/hally166/Cytometry-R-scripts/blob/master/ggcyto_tutorial.R Data used: https://flowrepository.org/id/FR-FCM-ZZZV ggcyto: https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ggcyto.html ggplot2: https://ggplot2.tidyverse.org/ Cytoverse: https://cytoverse.org/ https://www.babraham.ac.uk/science-facilities/flow-cytometry

Готовим варианты загрузки

popular icon
Популярные
hd icon
HD видео
audio icon
Только звук
total icon
Все форматы
* — Если видео проигрывается в новой вкладке, перейдите в неё, а затем кликните по видео правой кнопкой мыши и выберите пункт "Сохранить видео как..."
** — Ссылка предназначенная для онлайн воспроизведения в специализированных плеерах

Вопросы о скачивании видео

mobile menu iconКак можно скачать видео "(4) Flow Cytometry Data Analysis in R: Visualisation"?mobile menu icon

  • Сайт http://unidownloader.com/ — лучший способ скачать видео или отдельно аудиодорожку, если хочется обойтись без установки программ и расширений. Расширение UDL Helper — удобная кнопка, которая органично встраивается на сайты YouTube, Instagram и OK.ru для быстрого скачивания контента.

  • Программа UDL Client (для Windows) — самое мощное решение, поддерживающее более 900 сайтов, социальных сетей и видеохостингов, а также любое качество видео, которое доступно в источнике.

  • UDL Lite — представляет собой удобный доступ к сайту с мобильного устройства. С его помощью вы можете легко скачивать видео прямо на смартфон.

mobile menu iconКакой формат видео "(4) Flow Cytometry Data Analysis in R: Visualisation" выбрать?mobile menu icon

  • Наилучшее качество имеют форматы FullHD (1080p), 2K (1440p), 4K (2160p) и 8K (4320p). Чем больше разрешение вашего экрана, тем выше должно быть качество видео. Однако следует учесть и другие факторы: скорость скачивания, количество свободного места, а также производительность устройства при воспроизведении.

mobile menu iconПочему компьютер зависает при загрузке видео "(4) Flow Cytometry Data Analysis in R: Visualisation"?mobile menu icon

  • Полностью зависать браузер/компьютер не должен! Если это произошло, просьба сообщить об этом, указав ссылку на видео. Иногда видео нельзя скачать напрямую в подходящем формате, поэтому мы добавили возможность конвертации файла в нужный формат. В отдельных случаях этот процесс может активно использовать ресурсы компьютера.

mobile menu iconКак скачать видео "(4) Flow Cytometry Data Analysis in R: Visualisation" на телефон?mobile menu icon

  • Вы можете скачать видео на свой смартфон с помощью сайта или pwa-приложения UDL Lite. Также есть возможность отправить ссылку на скачивание через QR-код с помощью расширения UDL Helper.

mobile menu iconКак скачать аудиодорожку (музыку) в MP3 "(4) Flow Cytometry Data Analysis in R: Visualisation"?mobile menu icon

  • Самый удобный способ — воспользоваться программой UDL Client, которая поддерживает конвертацию видео в формат MP3. В некоторых случаях MP3 можно скачать и через расширение UDL Helper.

mobile menu iconКак сохранить кадр из видео "(4) Flow Cytometry Data Analysis in R: Visualisation"?mobile menu icon

  • Эта функция доступна в расширении UDL Helper. Убедитесь, что в настройках отмечен пункт «Отображать кнопку сохранения скриншота из видео». В правом нижнем углу плеера левее иконки «Настройки» должна появиться иконка камеры, по нажатию на которую текущий кадр из видео будет сохранён на ваш компьютер в формате JPEG.

mobile menu iconСколько это всё стоит?mobile menu icon

  • Нисколько. Наши сервисы абсолютно бесплатны для всех пользователей. Здесь нет PRO подписок, нет ограничений на количество или максимальную длину скачиваемого видео.